Al inicio de la década de los setentas, dentro de la estructura orgánica de la Secretaría de Educación Pública, existía  la Dirección General de Planeación Educativa, la cual tenía como función hacer los estudios necesarios que consistían en sugerir políticas y opciones de acción para la elaboración de los programas de actividades de la Secretaría.

En 1971, dentro de los lineamientos propuestos en materia de reforma administrativa por el gobierno de José López Portillo, se emite en el Diario Oficial de la Federación, el acuerdo en el que se dispone el establecimiento de unidades de programación en cada una de las secretarias y departamentos de Estado, organismos descentralizados y empresas paraestatales. 

El 16 de abril del año mencionado, se publica en el Diario Oficial de la Federación el acuerdo por el que se modifica la estructura orgánica administrativa de la Secretaria de Educación Pública, en el cual recomienda que las atribuciones de las unidades de programación de la Secretaria queden comprendidas dentro de la Dirección General de Planeación Educativa. 

En 1977, al iniciar la gestión gubernamental de Miguel de la Madrid Hurtado, la Subsecretaria de Planeación y Coordinación Educativa sufre modificaciones en su estructura general, cambiando su nombre por el de Subsecretaria de Planeación Educativa. Con ello la Dirección General de Planeación Educativa cambió denominación adoptando el de Dirección General de Planeación.

El 27 de febrero de 1978 se publica el Reglamento Interno de la Secretaria, el cual registra cambios en la estructura orgánica de las áreas adscritas a la Subsecretaría de Planeación Educativa, propiciando con ello la reorganización de funciones y la reestructuración de la Subsecretaria para dotarla de unidades administrativas que le permitieran establecer los planes, metas y programas educativos acordes con los requerimientos del país.

Dentro de este marco se decidió el establecimiento de la Dirección General de Programación, la cual tuvo como función proponer normas generales para la elaboración de los anteproyectos de presupuesto de la Secretaria y de las entidades del sector educativo y proponer los programas anuales del sector. A la Dirección General de Planeación se le asignó proponer los objetivos y metas a mediano y largo plazos de las direcciones del sector educativo. 

El 9 de agosto de 1985, el Reglamento Interior de la Secretaria de Educación Pública se modifica, como consecuencia de la aplicación del Programa de Racionalización Administrativa del Ejecutivo Federal, con el cual se pretende modernizar el aparato administrativo, optimizar la aplicación del gasto corriente y evitar la duplicidad de las funciones.

Tal hecho ocasionó cambios en la Subsecretaria de Planeación Educativa: se determinó cesar en sus funciones a la Dirección General de Planeación, disponiéndose que las atribuciones a ella conferidas fuesen reagrupadas y transferidas según el carácter de las mismas.

En consecuencia, las funciones relativas a los objetivos, metas, planes y programas a mediano y largo plazos, fueron asumidas por la Dirección General de Programación a fin de unificar los procesos de planeación y programación sectoriales educativas. 

En 1989, a causa de los lineamientos y políticas de modernización para adecuar las funciones y estructuras de las dependencias de la Administración Pública Federal, giradas por la Secretaria de Programación y Presupuesto, se modifica el Reglamento Interior de la Secretaria; con ello la Dirección General de Programación cambió su nombre por el que actualmente tiene, Dirección General de Planeación, Programación y Presupuesto.

Han sido directores generales de ella: Juan Prawda, Pablo Vanscoit, Héctor Orozco, Fernando Agraz, Alfredo Philips, Alejandro de la Canal , José Ramón Cárdeno Ortiz y actualmente el Mtro.Rafael Freyre.